Postdoktor i AI-modellering av cellulär dynamik, Alpha Cell Program

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Beskrivning av forskargruppen

Alpha Cell är ett nytt strategiskt program inom SciLifeLab med målet att bygga den första beräkningsmodellen av en mänsklig cell på molekylär nivå. Programmet leds av Jan Ellenberg, direktör för SciLifeLab, och Mathias Uhlén, ledare av Human Protein Atlas, tillsammans med en samarbetsinriktad, multi-institutionell konstellation av forskare och infrastruktureenheter inom SciLifeLab.

Tjänsten är förlagd till  Avlant Nilsson's research group vid Karolinska Institutet och SciLifeLab. Vårt labb utvecklar djupinlärningsmodeller av molekylära nätverk i cancer för att främja precisionsmedicin. Genom att integrera high throughput data (t.ex. transkriptomik, proteomik, metabolomik) med kunskap om molekylära interaktioner konstruerar vi tolkningsbara modeller som beskriver systemnivåmekanismer i celler och som kan möjliggöra identifiering av läkemedelsmål, biomarkörer och resistensmekanismer.

Projektet genomförs i nära samarbete med Wei Ouyangs AICell Lab vid KTH och SciLifeLab samt Human Protein Atlas, och har tillgång till toppmodern beräkningsinfrastruktur, inklusive superdatorn Berzelius.

Din roll

Tjänsten fokuserar på metodutveckling. Vi söker en postdoktor som ska utveckla nästa generations AI-modeller av cellulär dynamik, med fokus på skalbara neurala nätverksarkitekturer som representerar den molekylära sammansättningen i en enskild cell i rum och tid. Dessa modeller kommer att beskriva högdimensionella system med många interagerande komponenter och kan använda multiskaliga och grov-korniga representationer för att möjliggöra skalbarhet.

Arbetet kommer att bygga på koncept från dynamiska system, stokastiska processer och differentialekvationer (SDE:er), inklusive icke-jämviktssystem, för att modellera cellernas beteende. Ett centralt mål är att integrera olika bilddata med tidsupplösta molekylära mätningar, samtidigt som fysiska och biologiska begränsningar inkorporeras direkt i modellarkitekturerna.

De utvecklade metoderna kommer att utgöra grunden för framtida storskaliga satsningar inom molekylär avbildning och modellering inom Alpha Cell. Tjänsten erbjuder stor metodologisk självständighet.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer:

• Doktorsexamen inom exempelvis fysik, systembiologi, tillämpad matematik, maskininlärning eller relaterade områden
• Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python) och erfarenhet av moderna ML-ramverk
• Förmåga att bedriva självständig forskning och samarbeta i en tvärvetenskaplig miljö
• Goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska.

Andra önskvärda kvalifikationer:

• Erfarenhet av arbete med komplexa eller högdimensionella system
• Erfarenhet av fysikinformerad eller begränsningsbaserad maskininlärning (t.ex. neurala ODE:er, energibaserade modeller)
• Erfarenhet av dynamiska system, stokastiska processer eller SDE:er
• Bakgrund inom multiskalemodellering, grovkornig modellering eller icke-jämviktssystem
• Erfarenhet av generativ modellering eller partiellt observerade system
• Kännedom om biologiska data (t.ex. avbildning, proteomik, encellsdata)

Tidigare biologisk erfarenhet är inte nödvändig. Vi uppmuntrar särskilt sökande med kvantitativ bakgrund.

Vårt labb värdesätter mångfald och inkludering och strävar efter att skapa en miljö där alla individer kan bidra och utvecklas.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till "en bättre hälsa för alla"] 

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!

1. Avlant Nilsson, [email protected]

1. Björn Andersson, SACO, [email protected]
2. Elizabeth Valenzuela, SEKO, [email protected]
3. Bodil Moberg, OFR, [email protected]